Este Caderno Pedagógico, assim como o caderno de Planos de Aula, foram elaborados com o objetivo de orientar os professores na aplicação da metodologia Synapse em sala de aula e auxiliar a criação de atividades e o planejamento de aulas que favoreçam a aprendizagem dos alunos. O Caderno traz explicações sobre cada objetivo de aprendizagem das Matrizes Synapse e exemplos de atividades sugeridas por professores para desenvolver tais objetivos. Essas atividades foram planejadas e aplicadas em sala de aula por participantes do projeto e do curso de formação Synapse e mostram como aplicar aos alunos a sequência de objetivos proposta pela metodologia.
No Caderno estão listados os objetivos de aprendizagem para a Contextualização, para as disciplinas de Língua Portuguesa e de Matemática, e para desenvolver Habilidades Sensório-Motoras dos alunos do 1º ao 3º ano do Ensino Fundamental. Tais objetivos, alinhados à Base Nacional Comum Curricular (BNCC), compõem as Matrizes Synapse de referência para o planejamento de atividades por parte dos professores.